Duchowość Instytutu określa jego nazwa: Instytut Niepokalanej, Matki Kościoła. Członkinie Instytutu pragną, na wzór Niepokalanej, oddać całe swoje życie na macierzyńską posługę Kościołowi, starając się w każdym czasie otwierać na ożywcze tchnienie Ducha Świętego w Kościele i podejmować te posługi, które zmierzają do jego samourzeczywistnienia i odnowy .
INMK inspirowany duchowością maryjną św. Maksymiliana, widzi w Niepokalanej szczytową formę urzeczywistniania powołania osoby ludzkiej do bezgranicznego oddania się Chrystusowi i Jego misji. Niepokalana jest dla członkiń Instytutu wzorem osobowym, aoddanie się Jej w znaczeniu zjednoczenia się z Nią w postawie Jej oblubieńczego oddania się Chrystusowi w Duchu Świętym , streszcza całą pobożność maryjną INMK.
Drugim ważnym źródłem duchowości Instytutu jest eklezjologia Soboru Watykańskiego II, ze szczególnym uwypukleniem idei Mater Ecclesiae, idei diakonijnej, personalistyczno-dialogicznej, prowadzącej do rozumienia istoty osoby jako bezinteresownego daru z siebie (KDK 24c), oraz liturgii (zwłaszcza eucharystycznej i liturgii godzin) jako źródła i szczytu całego życia chrześcijańskiego. Tak rozumiana duchowość jest najgłębszym motywem i inspiracją całego zaangażowania apostolskiego członkiń Instytutu Niepokalanej, Matki Kościoła.
Duchowość tę członkinie INMK realizują w praktykach życia wewnętrznego, wśród których szczególną rolę pełni modlitwa jako osobiste spotkanie z Chrystusem , Eucharystia – pojmowana jako źródło i szczyt życia chrześcijańskiego, Liturgia Godzin oraz różaniec . Do praktyk okresowych należą dni skupienia, doroczne rekolekcje, jak również spotkania w grupie.
Najgłębszą treść życia członkiń INMK stanowią rady ewangeliczne a wynikające z nich więzy są elementem konstytutywnym życia wspólnotowego praktykowanego we wspólnocie zamieszkania jak również w życiu indywidualnym.
W INMK składa się śluby czasowe i wieczyste. Próba wstępna przed złożeniem pierwszych ślubów trwa 3 lata a kandydatka musi być pełnoletnia. Aby złożyć śluby czystości, ubóstwa i posłuszeństwa musi mieć co najmniej 20 lat. Śluby wieczyste składa się po co najmniej 6-letnim okresie włączenia czasowego (ślubów czasowych).